Se llama microbiota (μbiota) debido a que los microorganismos se sitúan en el tamaño de las micras (μ), aunque últimamente se están descubriendo muchas nanobacterias.

Tamaño de los microorganismos*
En 1673, el neerlandés Van Leeuwenhoek fue el primero en describir bacterias, vio una gran cantidad de “animáculos” al estudiar una muestra obtenida de su dentadura.
Durante generaciones, los microbiólogos sólo han estudiado las especies que podían cultivar en el laboratorio, y resulta que la mayoría de nuestra microbiota no puede sobrevivir en
cápsulas de Petri ya que es anaerobia.
A principios del siglo XXI la ciencia de la microbiota hizo un salto adelante cuando se descubrió la manera de secuenciar el ADN de estos microbios.
La microbiota humana incluye bacterias, hongos, arqueas y virus. Se excluyen los micro animales que viven en el cuerpo humano.